事業所税の納税義務者は事業所税の申告をしなければならない（地法701条の46第1項、701条の47第1項）。一方事業所税には免税点が定められており、免税点以下であるときは事業所税は課税されず、原則として申告することを要しない。ただし事業所税の課税団体に該当する市は、条例に定めることにより免税点以下である場合であっても、事業所税の申告を義務付けることができる（地法701条の46第3項、701条の47第3項）。一般的には条例により資産割は800㎡以上、従業者割は80人以上の場合に事業所税の申告が義務付けられることが多い。市によっては違うこともあるので注意が必要である。
免税点以下の申告義務がある場合において、申告しなかった場合、もともと事業所税額はないため、不申告加算税は生じない。ただし市は条例で十万円以下の過料を科する旨の規定を設けることができる（地法701条の49の2）。