１．基本的な内容
内国法人を合併法人とする適格合併が行われた場合において、当該適格合併に係る被合併法人の前十年内事業年度において生じた未処理欠損金額があるときは、当該内国法人の合併等事業年度以後の各事業年度における青色欠損金の繰越控除の規定の適用については、当該前十年内事業年度において生じた未処理欠損金額は、それぞれ当該未処理欠損金額の生じた前十年内事業年度開始の日の属する当該内国法人の各事業年度において生じた欠損金額とみなされる（法法57条2項）。前十年内事業年度とは被合併法人の当該適格合併の日前十年以内に開始した各事業年度をいう（同項）。
ただし合併法人となる内国法人と被合併法人との間に支配関係があり、かつ、共同事業要件を満たさず、5年超の支配関係等がない場合、次に掲げる欠損金額は引き継げない（法法57条3項）。
- 当該被合併法人等の支配関係事業年度前の各事業年度で前十年内事業年度に該当する事業年度において生じた欠損金額
- 当該被合併法人等の支配関係事業年度以後の各事業年度で前十年内事業年度に該当する事業年度において生じた欠損金額のうち特定組織再編成等が行われた場合の特定資産譲渡等損失額に相当する金額から成る部分の金額として政令で定める金額
支配関係事業年度とは、当該被合併法人等が当該内国法人との間に最後に支配関係を有することとなった日の属する事業年度をいう（同項）。なお当該被合併法人等において青色欠損金の繰越控除の規定により前十年内事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されたもの及び欠損金の繰戻還付の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となったものは引き継げない欠損金から除外される。
条文上は適格合併を行った場合、被合併法人繰越の欠損金を引き継ぎ、一定の場合それが制限されるという構造になっている。また制限される場合であっても支配関係が発生した事業年度以後の欠損金は引き継ぐことができる。
２．繰越欠損金の引継ぎが制限される場合
(1)要件の整理
- ① 合併法人となる内国法人と被合併法人との間に支配関係があること
- ② 共同事業要件を満たさないこと
- ③ 5年超の支配関係等がないこと
(2)共同事業要件
次の①から④の要件又は①と⑤の要件を満たす場合、共同事業要件を満たす（法令112条3項）。
- ① 適格合併に係る被合併法人の被合併事業と当該適格合併に係る合併法人の合併事業とが相互に関連するものであること。
- 当該合併法人が当該適格合併により設立された法人である場合にあっては、適格合併に係る被合併法人の被合併事業と当該適格合併に係る他の被合併法人の合併事業とが相互に関連するものであること
- 被合併事業とは当該被合併法人の当該適格合併の前に行う主要な事業のうちのいずれかの事業をいう。
- 合併事業とは当該合併法人の当該適格合併の前に行う事業のうちのいずれかの事業をいう。当該合併法人が当該適格合併により設立された法人である場合にあっては、当該適格合併に係る他の被合併法人の被合併事業のうちいずれかの事業をいう。
- ② 被合併事業と当該被合併事業と関連する合併事業のそれぞれの売上金額、当該被合併事業と当該合併事業のそれぞれの従業者の数、適格合併に係る被合併法人と合併法人のそれぞれの資本金の額若しくは出資金の額又はこれらに準ずるものの規模の割合がおおむね5倍を超えないこと。
- ③ 被合併事業が被合併法人支配関係発生時から当該適格合併の直前の時まで継続して行われており、かつ、当該被合併法人支配関係発生時と当該適格合併の直前の時における当該被合併事業の規模（②に規定する規模の割合の計算の基礎とした指標に係るものに限る。）の割合がおおむね2倍を超えないこと。
- 被合併法人支配関係発生時とは原則として当該適格合併に係る被合併法人が合併法人との間に最後に支配関係を有することとなった時をいう。当該被合併法人がその時から当該適格合併の直前の時までの間に当該被合併法人を合併法人等とする適格合併等により被合併事業の全部又は一部の移転を受けている場合には、当該適格合併等の時をいう。
- 合併法人等とは、合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人をいう。
- 適格合併等とは、適格合併、適格分割又は適格現物出資をいう。
- 被合併法人支配関係発生時とは原則として当該適格合併に係る被合併法人が合併法人との間に最後に支配関係を有することとなった時をいう。当該被合併法人がその時から当該適格合併の直前の時までの間に当該被合併法人を合併法人等とする適格合併等により被合併事業の全部又は一部の移転を受けている場合には、当該適格合併等の時をいう。
- ④ 合併事業が合併法人支配関係発生時から当該適格合併の直前の時まで継続して行われており、かつ、当該合併法人支配関係発生時と当該適格合併の直前の時における当該合併事業の規模（②に規定する規模の割合の計算の基礎とした指標に係るものに限る。）の割合がおおむね2倍を超えないこと。
- 合併法人支配関係発生時とは原則として当該適格合併に係る合併法人が被合併法人との間に最後に支配関係を有することとなった時をいう。当該合併法人がその時から当該適格合併の直前の時までの間に当該合併法人を合併法人等とする適格合併等により合併事業の全部又は一部の移転を受けている場合には、当該適格合併等の時をいう。
- ⑤ 適格合併に係る被合併法人の当該適格合併の前における特定役員である者のいずれかの者のうち、当該被合併法人が当該適格合併に係る合併法人との間に最後に支配関係を有することとなつた日前において当該被合併法人の役員又は当該これらに準ずる者で、同日において当該被合併法人の経営に従事していた者と当該合併法人の当該適格合併の前における特定役員である者のいずれかの者のうち、当該最後に支配関係を有することとなった日前において当該合併法人の役員又は当該これらに準ずる者で、同日において当該合併法人の経営に従事していた者とが当該適格合併の後に当該合併法人の特定役員となることが見込まれていること。
- 特定役員とは、社長、副社長、代表取締役、代表執行役、専務取締役若しくは常務取締役又はこれらに準ずる者で法人の経営に従事している者をいう。
(3)5年超の支配関係等
次のいずれかに該当する場合、5年超の支配関係等があるものとされる（法令112条4項）。
- 被合併法人等と合併法人となる内国法人との間に五年前の日から継続して支配関係がある場合
- 五年前の日とは、吸収合併の場合は当該内国法人の適格合併の日の属する事業年度開始の日の5年前の日をいい、新設合併の場合は当該適格合併の日の5年前の日をいう。
- 被合併法人が五年前の日後に設立された法人である場合であって当該被合併法人と当該内国法人との間に当該被合併法人の設立の日又は当該内国法人の設立の日のいずれか遅い日から継続して支配関係があるとき。ただし次に掲げる場合を除く。
- 当該内国法人との間に支配関係がある他の内国法人を被合併法人とする適格合併で、当該被合併法人を設立するもの又は当該内国法人が当該他の内国法人との間に最後に支配関係を有することとなった日以後に設立された当該被合併法人を合併法人とするものが行われていた場合（同日が当該五年前の日以前である場合を除く。）
- 当該内国法人が他の内国法人との間に最後に支配関係を有することとなった日以後に設立された当該被合併法人との間に完全支配関係がある当該他の内国法人で、当該内国法人との間に支配関係があるもので当該被合併法人が発行済株式又は出資の全部又は一部を有するものの残余財産が確定していた場合（同日が当該五年前の日以前である場合を除く。）
- 当該被合併法人との間に支配関係がある他の法人を被合併法人、分割法人、現物出資法人又は現物分配法人とする法第57条第4項に規定する適格組織再編成等で、当該内国法人を設立するもの又は当該被合併法人等が当該他の法人との間に最後に支配関係を有することとなった日以後に設立された当該内国法人を合併法人、分割承継法人、被現物出資法人若しくは被現物分配法人とするものが行われていた場合（同日が当該五年前の日以前である場合を除く。）