単元未満株式を有する株主は、当該単元未満株式を発行した株式会社に対し、自己の有する単元未満株式を買い取ることを請求することができる（会社法192条1項）。株式を発行した株式会社から見れば自己株式の取得に該当する。自己株式の取得は原則としてみなし配当事由に該当する（所法25条1項5号、法法24条1項5号）。しかし単元未満株式の買取請求による自己株式の取得はみなし配当事由から除外されているため、みなし配当は生じない（所令61条1項9号、法令23条4項9号）。従って個人株主の場合は株式等の譲渡所得のみ課税され、法人株主の場合は単なる有価証券の譲渡として扱われる。
一方単元未満株式の買取請求による自己株式を取得した株式会社ではその資本金等の額から自己株式の取得の対価の額相当額が控除される（法令8条1項21号）。