過大支払利子税制と過少資本税制の両方が適用となる場合、損金不算入額が大きい税制が適用される（措法66条の5第4項、66条の5の2第6項）。
ただし過大支払利子税制の損金不算入額が過少資本税制の損金不算入額よりも大きくなる場合であっても、過大支払利子税制の適用除外に該当するときは過少資本税制が適用される（措法66条の5第4項但書）。この場合であっても過大支払利子税制の適用除外の適用を受けるため、適用除外に関する別表の提出等をしなければならない（措法66条の5の2第4項）。提出等がない場合、過大支払利子税制の適用除外は適用されないため、過大支払利子税制が適用される。