フリーレントがつけられている場合、課税上弊害があるときを除き、損金経理を条件に賃借料の総額を賃借期間にわたり平均して損金の額に算入する（法基通12の5-3-2）。課税上弊害があるときとは以下のような場合をいう。
- ①当該フリーレントに関する定めがないとした場合に当該賃貸借取引につき支払うこととなる金額と当該契約に基づき支払うこととされている金額との差額が当該契約に基づき支払うこととされている金額のおおむね2割を超える場合（法基通12の5-3-2(1)）
- ②当該契約に係る無償等賃借期間が4月を超える場合で、かつ、当該賃借期間の開始の日の属する事業年度終了の日において、当該無償等賃借期間内の日の属する各事業年度のいずれかの事業年度で、当該事業年度における賃借期間のおおむね5割を超える期間が賃料の支払がない又は通常に比して少額であるものとなると見込まれる場合（法基通12の5-3-2(2)）
フリーレントだけでなく、一定期間賃料を下げる場合も同様に扱う。フリーレント期間又は賃料を下げている期間を通達上無償等賃借期間という（法基通12の5-3-2）。
なおフリーレント等については平成30年6月15日の裁決事例がある。この裁決事例では賃料を下げている期間が6月であるため、上記の②に該当し賃借料の総額を平均して計上することは認められないと考える。