１．株式移転完全子法人の株主の税務
(1)株式移転により取得した資産の取得価額
株式移転完全子法人の株主は株式移転の対価として株式移転完全親法人株式等の資産を取得する。その資産の取得価額は原則として取得時の時価である。例外的にその株式移転に係る株式移転完全子法人の株主にその株式移転に係る株式移転完全親法人の株式以外の資産が交付されなかった場合、その株式移転完全親法人の株式の取得価額は株式移転完全子法人の株式の株式移転の直前の帳簿価額相当額となる（法令119条1項11号）。
(2)株式交換完全子法人の株式の譲渡損益
株主移転完全子法人の株主は株式移転によりその有する株式移転完全子法人の株式を譲渡することとなる。そのため有価証券の譲渡損益が生じる。有価証券の譲渡損益は原則としてその有価証券の譲渡により通常得べき対価の額から原価の額を控除した金額である（法法61条の2第1項）。
例外的にその株式移転に係る株式移転完全子法人の株主にその株式移転に係る株式移転完全親法人の株式以外の資産が交付されなかった場合、通常得べき対価の額は株式移転完全子法人株式の株式移転の直前の帳簿価額相当額とされる（法法61条の2第11項）。その結果、例外に該当する場合は譲渡損益は生じない。
２．株式移転完全親法人の税務
(1)株式移転完全子法人の株式の取得価額
株式移転完全親法人は株式移転により株式移転完全子法人の株式を取得する。その取得価額は取得時における株式移転完全子法人の株式の時価である。
(2)資本金等の額
株式移転完全親法人は株式移転により新株を発行するため、資本金が増加する。それに伴って資本金等の額も増加する（法令8条1項本文）。
これとは別に資本金等の額が株式移転により移転を受けた株式移転完全子法人の株式の取得価額からその株式移転による増加資本金額等を減算した金額増加する（法令8条1項11号）。
３．株式交換完全子法人の税務
(1)時価評価
非適格株式移転が行われた場合、株式移転完全子法人は株式移転の直前の時において有する時価評価資産を時価評価し、その評価益の額または評価損の額をその株式移転の日の属する事業年度の益金の額又は損金の額に算入する（法法62条の9第1項）。
(2)欠損等法人の欠損金の繰越の不適用
非適格株式移転の場合、特段の規定がないため、所定の要件を満たした場合欠損等法人の欠損金の繰越の不適用の規定が適用される。詳細に関しては「特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用等」を参照。