１．株式交換完全子法人の株主の税務
(1)株式交換により取得した資産の取得価額
株式交換完全子法人の株主は株式交換によりその対価として資産を取得する。適格株式交換は金銭等不交付要件を満たすものであり、対価は株式交換完全親法人等の株式等である。金銭等不交付要件を満たしているため、交付を受けた株式交換完全親法人等の株式の取得価額はその株式交換に係る株式交換完全子法人の株式のその株式交換の直前の帳簿価額に相当する金額となる（法令119条1項9号）。
(2)株式交換完全子法人の株式の譲渡損益
株主交換完全子法人の株主は株式交換によりその有する株式交換完全子法人の株式を譲渡することとなる。そのため有価証券の譲渡損益が生じる。有価証券の譲渡損益は原則としてその有価証券の譲渡により通常得べき対価の額から原価の額を控除した金額である（法法61条の2第1項）。適格株式交換は金銭等不交付要件を満たすものであるため、通常得べき対価の額は株式交換完全子法人の株式のその金銭等不交付株式交換の直前の帳簿価額に相当する金額となる（法法61条の2第9項）。その結果、譲渡損益は生じない。
２．株式交換完全親法人の税務
(1)株式交換完全子法人の株式の取得価額
株式交換完全親法人は株式交換により株式交換完全子法人の株式を取得する。その取得価額は株式交換完全子法人の株主数により異なる。その適格株式交換等の直前において株式交換完全子法人の株主の数が50人未満の場合、取得価額は株式交換完全子法人の株主が有していた株式交換完全子法人の株式のその適格株式交換等の直前の帳簿価額に相当する金額の合計額となる（法令119条1項10号イ）。50人以上の場合、株式交換完全子法人のその適格株式交換等の日の属する事業年度の前事業年度終了の時の資産の帳簿価額から負債の帳簿価額を減算した金額に相当する金額が取得価額となる。
(2)資本金等の額
株式交換完全親法人は株式交換により新株を発行するため、資本金が増加する。それに伴って資本金等の額も増加する（法令8条1項本文）。この資本金の増加による資本金等の額の増加とは別に資本金等の額が株式交換により移転を受けた株式交換完全子法人の株式の取得価額からその株式交換による増加資本金額等を減算した金額増加する（法令8条1項10号）。
３．株式交換完全子法人の税務
(1)時価評価
適格株式交換の場合、時価評価の規定は適用されない。
(2)欠損等法人の欠損金の繰越の不適用
適格株式交換によって生じた支配関係は欠損等法人の欠損金の繰越の不適用の規定の特定支配関係から除外されているため、適格株式交換によって支配関係が生じても欠損等法人の欠損金の繰越の不適用の規定は適用されない（法法57条の2第1項かっこ書き、法令113条の3第5項1号）。