適格合併は大きく以下の3つの類型に分かれる。
- 完全支配関係がある場合
- 支配関係がある場合
- 共同事業要件を満たす場合
完全支配関係がある場合の適格合併はさらに①当事者間の完全支配関係がある場合と②同一の者による完全支配関係がある場合に分かれる。
ここで100%子会社と100%孫会社を合併させることを考える。ここではある会社の100%子会社により株式を100%保有されている会社を100%孫会社という。例えばA社がB社の株式を100%保有しており、B社がC社の株式を100%保有している場合、A社から見てC社は100%孫会社に該当する。B社とC社にはB社による当事者間の完全支配関係がある。しかしB社はA社に完全支配されており、C社もA社に完全支配されている。従ってA社という同一の者による完全支配関係もある。この場合、当事者間の完全支配関係がある場合の適格合併に該当するか同一の者による完全支配関係がある場合の適格合併に該当するかどちらも検討することとなる（質疑応答事例「合併法人と被合併法人との間に「当事者間の完全支配関係」と「法人相互の完全支配関係」のいずれにも該当する関係がある場合の適格判定について」）。ただし法人税法上同一の者による完全支配関係がある場合が優先されるため、まず同一の者による完全支配関係がある場合の適格合併に該当するか検討し、該当しなければ当事者間の完全支配関係がある場合の適格合併に該当するか検討することとなる。