期限後申告であっても相続時精算課税の適用を受けることができる（質疑応答事例「相続時精算課税選択届出書を単独で提出した後に贈与税の期限後申告書を提出する場合の相続時精算課税の適用の可否（令和６年１月１日以後の贈与の場合）」）。ただ相続時精算課税の2,500万円の特別控除は、期限内申告書に控除を受ける金額等の記載がある場合に限り適用される（相法21条の12第2項）。そのため期限後申告となるときは特別控除の適用を受けることができない。それに対し基礎控除は申告要件がないため、期限後申告であっても適用を受けることができる。
なお期限後申告となったことにより特別控除の適用を受けることができなくなった金額は、翌年以降に繰り越される（質疑応答事例「期限後申告になったことによる相続時精算課税に係る贈与税の特別控除額の翌年以降への繰越し」）。