１．課税貨物に係る消費税の納税義務等
(1)納税義務者
外国貨物を保税地域から引き取る者は、課税貨物につき、消費税を納める義務がある（消法5条2項）。
(2)納税地
保税地域から引き取られる外国貨物に係る消費税の納税地は、当該保税地域の所在地とされる（消法26項）。
(3)課税標準
保税地域から引き取られる課税貨物に係る消費税の課税標準は、当該課税貨物に係るCIF価格に消費税以外の個別消費税の額および関税の額に相当する金額を加算した金額である（消法28条4項）。
仕入の対価ではない。
(4)課税貨物についての申告及び納税
課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者は、原則として一定の事項を記載した申告書を課税貨物を引取るときまでに税関長に提出し、納税しなければならない（消法47条、消法50条参照）。
２．課税貨物に係る消費税の仕入税額控除
(1)基本的な内容
保税地域からの引取りに係る課税貨物につき課された又は課されるべき消費税額につき、課税事業者は仕入税額控除をすることができる（消法30条1項）。
(2)仕入税額控除額
①原則課税の場合
課税期間における課税売上高が五億円を超えるとき、又は課税売上割合が95%未満のときは、個別対応方式又は一括比例配分方式が適用される（消法30条2項）。それ以外の時は全額控除ができる（消法30条1項）。
②簡易課税の場合
課税貨物に係る消費税は簡易課税における仕入税額控除の計算において考慮されない（消法37条1項参照）。
(3)仕入税額控除の時期
申告期限等と整理すると以下の通りである。
| 関税 | 消費税 | ||||
| 課税方式 | 課税方式 | 申告期限 | 納付期限 | 仕入税額控除の時期 | |
| 申告納税方式 （関税法6条の2第1項1号） | 原則 | 申告書の提出 （消法47条1項） | 引取時 （消法47条1項） | 引取時 （消法50条1項） | 引取った日の属する課税期間（消法30条1項3号） |
| 特例申告（関税法7条の2第1項） | 引取りの日の属する月の翌月末日（消法47条3項） | 引取りの日の属する月の翌月末日（消法50条1項かっこ書き） | 特例申告書を提出した日又は当該申告に係る決定の通知を受けた日の属する課税期間（消法30条1項4号） | ||
| 賦課課税方式 （関税法6条の2第1項2号） | 申告書の提出 （消法47条2項） | 引取時 （消法47条2項） | 引取時（消法50条2項） | 引取った日の属する課税期間（消法30条1項3号） | |