１．株式交換完全子法人の株主の税務
(1)株式交換により取得した資産の取得価額
株式交換完全子法人の株主は株式交換の対価として資産を取得する。取得した資産の取得価額は原則として取得した資産の時価である。例外的に株式交換が金銭等不交付株式交換に該当する場合、交付を受けた株式交換完全親法人等の株式の取得価額はその株式交換に係る株式交換完全子法人の株式のその株式交換の直前の帳簿価額に相当する金額となる（法令119条1項9号）。
(2)株式交換完全子法人の株式の譲渡損益
株主交換完全子法人の株主は株式交換によりその有する株式交換完全子法人の株式を譲渡することとなる。そのため有価証券の譲渡損益が生じる。
有価証券の譲渡損益は原則としてその有価証券の譲渡により通常得べき対価の額から原価の額を控除した金額である（法法61条の2第1項）。例外的に金銭等不交付株式交換に該当する場合、通常得べき対価の額は株式交換完全子法人の株式のその金銭等不交付株式交換の直前の帳簿価額に相当する金額となる（法法61条の2第9項）。
２．株式交換完全親法人の税務
(1)株式交換完全子法人の株式の取得価額
株式交換完全親法人は株式交換により株式交換完全子法人の株式を取得する。その取得価額は取得時における株式交換完全子法人の株式の時価である。
(2)資本金等の額
株式交換完全親法人は株式交換により新株を発行するため、資本金が増加する。それに伴って資本金等の額も増加する（法令8条1項本文）。
これとは別に資本金等の額が株式交換により移転を受けた株式交換完全子法人の株式の取得価額からその株式交換による増加資本金額等を減算した金額増加する（法令8条1項10号）。
３．株式交換完全子法人の税務
(1)時価評価
非適格株式交換が行われた場合、株式交換完全子法人は株式交換の直前の時において有する時価評価資産を時価評価し、その評価益の額または評価損の額をその株式交換の日の属する事業年度の益金の額または損金の額に算入する（法法62条の9第1項）。
(2)欠損等法人の欠損金の繰越の不適用
非適格株式交換の場合、特段の規定がないため、所定の要件を満たした場合欠損等法人の欠損金の繰越の不適用の規定が適用される。詳細に関しては「特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用等」を参照。