投資事業有限責任組合の持分が消費税法でどのように扱われるかに関しては明文の規定はない。しかし消費税法基本通達では人格のない社団等、匿名組合及び民法上の組合の持分も「その他法人の出資者の持分」として有価証券に類するものとされる（消基通達6-2-1(2)ロ）。これは匿名組合等の持分の譲渡は財・サービスの消費ではなく出資者の地位の譲渡であり、有価証券と同様に消費税の課税対象になじまないからだと考えられる。投資事業有限責任組合の持分の譲渡も出資者の地位の譲渡であるため、同様に有価証券に類するものに該当し、投資事業有限責任組合の持分の譲渡は非課税取引であると考える。
ただし投資事業有限責任組合の持分の譲渡が非課税取引となる場合でも、「その他法人の出資者の持分」に該当するため、課税売上割合計算時には譲渡対価の全額が分母に含まれる（「その他法人の出資者の持分」は消令48条5項の対象に含まれない）。